東京大學是日本創辦的第一所國立大學，也是亞洲創辦最早的大學之一，公認為日本最高學府，也是亞洲最高學府。它的前身是明治時期創辦的東京開成學校和東京醫科學校。如果追溯得更遠些，最早是幕府時期設置的“蘭學”機構“天文方”、昌平坂學問府、種痘所歷經演變而來。明治維新初期，日本政府公布了“新學制令”，為向歐美學習打開門戶，于 1877 年根據文部省指示將上述兩校合并，定名為東京大學。當時已有一定規模，在校生有 500 余人，設有文學、法學、理學、醫學 4 個學部，不久文部省兼管的東京法律學校并入該校，隸屬法學部。
1886 年，明治政府為適應國家需要，培養具有國家主義思想的人，頒布了“帝國大學令”，東京大學改名為帝國大學，采用分科大學制，原來工務省管轄的工科大學，農務省管轄的東京農林學校和山林學校合并建成的農科大學，相繼成為帝國大學的工科大學和農科大學，以前原有的幾個學部分別改為法政大學、醫科大學、文科大學、理科大學;并開始設置研究生院。成為一所名符其實的大學。
1887 年制定了“學位令”后，增設博士 和大博士學銜。其間，各帝國大學紛紛冠上本地名稱，為示區別，帝國大學的名稱前面添上“東京”二字，更深一層含義是使其成為各大學的樣板。這時學校的體制也發生變動，為便于統一領導，分科大學制又改為學部制，法學部增設商學系， 10 年后該系擴充而升格為經濟學部，到戰前的幾十年間，東京帝國大學各方面都有長足發展，培養了幾萬名畢業生，畢業生中包括了不少國家領導級的人物。二次大戰后，清除了軍國主義教育的一套做法，調整了機構和不合理的制度，并去掉了“東京帝國大學”中的“帝國”二字，重新恢復了最早東京大學的校名。改制后的東京大學又新設了基礎學部、教育學部，把東京帝大時的附屬醫學專業部、第一高中、東京高中亦同時并入，原有學部中又分化出新的學部，一大批研究所和研究中心相繼成立，今天，東京大學已成為具有 10 大學部， 11 個研究生院， 12 個研究所，數萬師生員工的綜合大學。 1986 年亞洲一些大學校長和行政管理人員投票評選 10 所世界著名大學時，東京大學作為亞洲唯一代表入選，這是東京大學的榮耀，也充分證實了它的學術水平。
